A maior parte da fauna de manguezal é típica, e não exclusiva deste ecossistema, podendo ser encontrada em outros sistemas costeiros como lagunas, restingas e estuários. Entre os animais endêmicos dos manguezais há a ave figuinha-do-mangue (Conirostrum bicolor), que se encontra ameaçada de extinção.
Porém, independente das espécies fixas neste ecossistema, ele representa um local essencial para a continuidade do ciclo de vida dessas e de outras espécies.

Os manguezais abrigam animais dos mais variados tamanhos terrestres, marinhos e, em alguns casos, dulcícolas.

Como em muitos outros ecossistemas, é possível observar um maior número de espécies de invertebrados, iuncluindo grande diversidade de moluscos, anelídeos, briozoários, crustáceos, nemertíneos, equinodermos, artrópodes, celenterados, entre outros.
A mastofauna também é muito variada de manguezal para manguezal e pode incluir diversos peixes, anfíbios, répteis, aves e mamíferos.