A flora varia conforme a latitude em que o manguezal está localizado, tendo maior porte conforme mais proximidade da linha do Equador. Isto altera as relações com a fauna, uma vez que os recursos serão diferenciados.

As características físicas dos manguezais também fazem com que os vegetais desenvolvam métodos especiais para resistir às dificuldades impostas por este ambiente.

Muitas plantas, devido à pouca oxigenação do solo, desenvolvem raízes aéreas de geotropismo negativo (pneumatóforos), assim, durante a maré cheia parte delas permanecem expostas ao ar para absorver o oxigênio que não encontram na água. É o caso da Laguncularia racemosa (L.) Gaertn f. (mangue-branco) e da Avicennia schaueriana Stapf & Leechman (mangue-preto, siriúba ou mangue-siriúba).

Já para resistir às oscilações da maré e à instabilidade do solo lodoso, elas possuem caules suportes para melhor sustentação, os rizóforos, como a Rhizophora mangle Linnaeus (mangue-vermelho ou mangue-charuto).

A vegetação nas áreas de manguezal e marismas pode ser denominada halófita, ou seja, plantas com adaptações a ambientes de alta salinidade. É comum encontrarmos plantas com glândulas excretoras de sal (no caso da Laguncularia racemosa (L.) Gaertn f. elas são bem visíveis e podem ser vistas no limbo, quando direcionadas contra a luz, e no pecíolo), pois manter a osmorregulação em um ambiente tão salino exige esforço extra.

Muitas espécies também têm folhas e caules cobertos por ceras e pelos, que protegem da radiação diária.