A flora típica dos manguezais brasileiros consiste em quatro espécies de mangue, algumas gramíneas e várias epífitas (samambaias, orquídeas e bromélias). Há também a vegetação de transição entre o manguezal e outros ecossistemas (como a restinga).
Os mangues presentes aqui são: Laguncularia racemosa (L.) Gaertn f. (mangue-branco), Avicennia schaueriana Stapf & Leechman (mangue-preto, siriúba ou mangue-siriúba) e Rhizophora mangle Linnaeus (mangue-vermelho ou mangue-charuto).
Também são encontradas as espécies Hibiscus spp. (guaxima-do-mangue), Acrostichum aureum Linnaeus (avencão) e Conocarpus erectus Linnaeus (mangue-de-botão). As gramíneas mais comuns são as Spartina spp. (capim paraturá), comuns em margens com o mar e clareiras.

Foto: mangue-branco (Laguncularia racemosa)
Fonte: Bianca P. Vieira (Projeto Manguezal)

Foto: mangue-preto (Avicennia schaueriana )
Fonte: Bianca P. Vieira (Projeto Manguezal)

Foto: mangue-vermelho (Rhizophora mangle)
Fonte: Bianca P. Vieira (Projeto Manguezal)
Na zona de transição entre manguezal e outras vegetações é comum encontrar espécimes de Inga affinis DC. (ingá-doce), Schinus terebinthifolius Raddi (aroeira), Erythrina speciosa Andrews (suinã), Tabebuia cassinoides (Lam.) DC. (tabebuia do brejo), Dalbergia ecastophylla (L.) Taub (grama-de-praia) e Typha domingensis Pers. (taboa).