Infelizmente hoje grande parte da população vê este ecossistema como um lugar fétido, sujo, insalubre e sem utilidade agrícola. Tal posicionamento resulta em desmatamento, aterramento e drenagem dos manguezais, com a morte de milhares de espécimes. Conjuntos de fatos como estes são muito perigosos, pois podem gerar uma cultura equivocada, baseada na ocupação desenfreada destes meios, extinção de espécies (com a diminuição do fornecimento de alimento marinho), aumento do despejo de resíduos, entre outros. Além disto, é a destruição de um local com grande capacidade econômica de ecodesenvolvimento.
A ocupação imobiliária deste ecossistema ocorre de duas formas. Geralmente classes financeiramente estáveis desmatam, aterram e ocupam este ambiente pela boa localização, afinal manguezais ficam de frente para uma área marítima tranqüila, com visão paradisíaca e sem vizinhança. Por outro lado, as classes miseráveis, por reflexo dos problemas sociais, vão para este local por falta de opção de moradia e constroem casebres sem infra-estrutura, sofrendo com as intempéries da região.
Contudo, não é só a ocupação do manguezal em si que resulta em muitos problemas, a intensa utilização das regiões próximas geralmente é acompanhado de aumento no despejo de resíduos, o que leva a um grande desequilíbrio neste ecossistema. Historicamente, o descarte de resíduos (esgoto e lixo) é feito em rios e mares. Tal posicionamento atinge diretamente este ecótono (ambiente de transição). Muitas cidades brasileiras construíram ou ainda constroem lixões e aterros sanitários em manguezais, acreditando que o forte odor liberado pode ser justificado pelo ecossistema e não pelo mau condicionamento dos resíduos.

Além destes hábitos, a pressão exercida pelas pastagens, rizicultura, carcinicultura, pesca predatória, construção de marinas (ilegal em manguezais e deve ser denunciada), extração de madeira, produção de sal, atividades industriais e atividades portuárias são muito fortes!
A rizicultura em manguezais ocorre com mais frequência na Ásia. Apesar da grande fertilidade dos solos, para a rizicultura são necessárias estruturas de alto custo para impedir a oscilação da maré e filtrar a salinidade da água.
A carcinicultura arrasou o litoral africano e vem destruindo a costa da América do Sul. No Brasil, a atividade está proibida em manguezais, pois além do desmatamento a atividade utiliza muitos biocidas para evitar a invasão de algas e moluscos nas “gaiolas” dos camarões. Já a pesca predatória, como a de arrasto, além de acabar a fauna marinha capturada, que não é aproveitada pelos pescadores, revolve o solo e destrói a fonte de recursos dos pescadores artesanais.

Salinas são pouco comuns, mas muito impactantes, pois entre outras coisas, alteram completamente as estruturas físico-químicas do solo e da água.
As atividades mais destrutivas aos manguezais brasileiros são as industriais e portuárias. Indústrias frequentemente se localizam perto de rios e manguezais para descartar os resíduos produzidos (principalmente tinturas e metais pesados). Tal descarte deveria ser tratado e controlado, porém não é o que acontece. Já os portos necessitam de águas calmas para o atracamento dos navios, estes locais geralmente são baías, onde há manguezais. Os impactos causados pela presença de portos incluem a contaminação da água e dos animais (por resíduos, água do lastro e outros), a possibilidade de doenças trazidas de outros locais e o estresse por ruídos e poluição do ar.

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